Правителства, учени и изследователски институции използват технологии и иновации за справяне с COVID-19.
Разработени са инструменти с отворен код и някои продължават да се тестват, за да подкрепят усилията, положени за минимизиране на резултатите от този смъртоносен вирус.
Вече има набор от инструменти с отворен код, които помагат на изследователите да научат за болестта, идентифицират разпространението, предотвратяват разпространението и минимизират по-нататъшното разпространение и смъртните случаи. Предлага се набор от проекти на Образователна екосистема който очертава как да използвате различни инструменти.
Тази статия разглежда някои от инструментите и библиотеките с отворен код, които се използват за наблюдение, превенция и ограничаване, диагностика и лечение на COVID-19.
Съдържание
Карта за проследяване на COVID-19
През януари Центърът за системни науки и инженерство на JHU стартира a Глобална карта за проследяване на COVID-19 която бързо се превърна в международно доверен източник на данни за развиващата се пандемия в реално време.
Картата е с отворен код и е използвана за стимулиране на усилията за изследване и визуализация от водещи медийни организации, малки организации и местни власти.
DXY-COVID-19-Обхождане
DXY-COVID-19-Crawler е един от най-ранните проекти с отворен код, разработен в отговор на COVID-19 през януари.
Разработчиците са използвали данни от DXY.cn, сайт, използван от китайски лекари за докладване и проследяване на случаи. Те разработиха уеб робот, който събира данни от сайта и ги прави достъпни чрез API и хранилище за данни. Кодът е достъпен на Github.
Open Data Kit
Open Data Kit (ODK) не е нов инструмент. Той е бил използван преди по време на епидемията от ебола в Западна Африка през 2004 г. и по-скорошната епидемия в Демократична република Конго през 2019 г.
Основно помага на потребителите да събират, управляват и използват данни при проследяване на контакти, стратегическо картографиране, подкрепа при вземане на решения, чувствителност на общността и управление на случаи.
Общността на ODK допълнително усъвършенства използването си в отговор на COVID-19, като предостави формуляр за докладване в своите внедрявания. Формулярът е създаден в съответствие с протокола на Световната здравна организация за разследване на случаи и проследяване и разследване на контакти.
Водещите разработчици също предлагат безплатна поддръжка за всяка организация, която е внедрила ODK в отговор на COVID-19.
Следващ щам
Следващ щам проследява еволюцията на патогените. Преди това е бил използван за изготвяне на фамилната история на дадено заболяване, което позволява прогнозиране на прогресията на заболяването.
Успешно е използван при предишни епидемии, като ебола. Чрез генетични данни от Глобалната инициатива за споделяне на всички данни за грипа (Gisaid), Nextxtrain се използва за справяне с COVID-19.
DHIS2
Вероятно вече знаете DHIS2. Това е най-голямата система за управление на здравна информация в света. Използва се в повече от 70 страни. Като част от отговора на COVID-19, DHIS2 пусна пакет с цифрови данни, който ускорява откриването на инфекция, докладването, наблюдението и лечението на болестта.
Пакетът с цифрови данни DHIS2 използва стандартни метаданни, които са в съответствие с протокола на СЗО за дефиниране на случаи на COVID-19 и наблюдение, за да се даде възможност за бързо внедряване и реакция.
Пикобар Западна Ява
Индонезийският информационен и координационен център за болести и бедствия е център за реагиране при кризи, създаден за смекчаване и реагиране на COVID-19 в провинция Западна Ява в Индонезия.
Като част от отговора, The Jabar Digital Service разработи уеб инструмент и приложение с отворен код което позволява на потребителите достъп до най-новите данни за COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS е система за грижа за пациенти, използвана в много развиващи се страни по света. Благодарение на гъвкавостта на OpenMRS системастраните, чиито здравни ресурси са били натоварени, могат да го използват за наблюдение, скрининг и лечение на COVID-19.
Системата може да им помогне да разширят капацитета си, като им предоставя достъп до научно обоснована информация за справяне с кризата.
OpenLMIS
The Проект OpenLMIS използва тактика, фокусирана върху общността, за да разработи информационна система за управление на логистиката с отворен код. Системата OpenLMIS се стреми да подобри точността на данните, да увеличи отчетността, да подобри навременността на данните и видимостта.
Системата OpenLMIS се стреми да подобри веригите за доставка на здравеопазване, инвентара на медицинските ресурси, за да предостави ясна картина на наличните медицински консумативи, включително тестови комплекти и ЛПС (лични предпазни средства). Този инструмент може ефективно да се използва в подкрепа на вземащите решения при разпределянето на ресурси като отговор на COVID-19.
Здравни сайтове
The Глобален проект за картографиране на Healthsites е проект, насочен към картографиране на всяко здравно заведение в света и осигуряване на лесен достъп до подробностите за всяка болница. Данните за здравните заведения са достъпни чрез API.
Като си сътрудничи с потребителите, екипът на healthsites.io улавя и валидира местоположението и данните за контакт на всяко здравно заведение и прави данните свободно достъпни и достъпни чрез лиценз за отворени данни.
СОРМАС
СОРМАС (Система за управление и анализ на отговор на епидемия от наблюдение) е мобилна система за електронно здравеопазване с отворен код. Той е разгърнат за прилагане на процедури за контрол на болестта, както и за управление на епидемии.
Той е ефективно внедрен в няколко държави, включително Гана, Нигерия, Непал и Фиджи, за наблюдение и ранно откриване на COVID-19.
SORMAS е безплатна система с отворен код, която следва стандартите за защита на данните.
Токио COVID-19
За разлика от много други градове и правителства, Токийско столично правителство разработи уебсайт с отворен код, който информира своите жители за COVID-19. Като го направи с отворен код, сайтът е видял принос от над 200 потребители. Три други града, Чиба, Нагано и Фукуока, пресъздадоха уебсайта.
OpenELIS
Целта на Здравна система OpenELIS е да подобри здравеопазването чрез предоставяне на прогресивна, базирана на стандарти система за управление на лабораторна информация, която може да се използва от различни здравни инициативи за подобряване на възможностите за лечение.
Избухването на COVID-19 представлява глобално предизвикателство за проследяване на контакти и масово тестване на предполагаеми случаи. Системата OpenELIS може ефективно да се използва за справяне с COVID-19, за да улесни проследяването на лабораторни тестове и резултати.
The Инструментариум за обществено здраве е колекция от инструменти с отворен код, както и ресурси с отворен достъп, които са насочени към изграждане и внедряване на цифрови инструменти за използване в здравни инициативи на общността в труднодостъпни райони.
Общността на разработчиците на Community Health Toolkit се мобилизира за разработване на инструменти и ресурси, които имат за цел да подкрепят здравните работници в общността да се справят с COVID-19.
ЗВЪН
The COVID-19 Модел на въздействието на болницата за епидемии (CHIME) е приложение с отворен код, разработено от учени по данни в Penn Medicine – Университет на Пенсилвания. Това е онлайн инструмент, който позволява на болниците да прогнозират въздействието на вируса върху ресурсите на здравеопазването.
Разработен е с помощта на Python и зависимостта от отворен код на pandas.
Карта за грижи за COVID-19
The Карта за грижи за COVID-19 помага при картографиране на вече съществуващите здравни ресурси и при прогнозиране на пропуски в болнични легла, вентилатори, медицински консумативи и персонал. Всички методи, инструменти за обработка на данни, визуализации и изходен код са безплатни и с отворен код.
Проектът COVID Care Map се стреми да предвиди и действа, за да привлече подкрепа за ефективна грижа за бързо нарастващия брой инфекции с COVID-19 и тези, които се нуждаят от интензивни грижи.
Locale.ai
Locale.ai разработи интерактивна визуализация с отворен код на всички потвърдени случаи на COVID-19 по целия свят. Той прави запитвания към набора от данни с отворен код от университета Джон Хопкинс.
Locale.ai разработи Уебсайт за визуализация на COVID-19 чрез използването на Vue.js, което е популярна рамка, която позволява на разработчиците да създават модерни уеб приложения.
COVID-19 по целия свят
Това приложение използва визуализация на карта, за да наблюдава разпространението на COVID-19, потвърдените случаи и развитието на болестта по целия свят. Той използва данни от John Hopkins CSSE.
Коронавирус тракер
Това е приложение Shiny, разработено от John Coene. Той проследява разпространението на COVID-19 чрез използване на данни от John Hopkins, DXY данни и Weixin. Приложението показва броя на предполагаемите, потвърдените и възстановени случаи по време и регион. Кодът е достъпен на Github.
Глобални случаи на COVID-19
Глобални случаи на COVID-19 е блестящо приложение, разработено от Кристоф Шьоненбергер, което показва развитието на COVID-19 на карта, графики, обобщени таблици и фигури. Кодът му е достъпен в Github.
Правителствата и COVID-19
Това е приложение Shiny, разработено от Себастиан Енгел-Волф. Той картографира експоненциалния растеж на COVID-19, дните за удвояване на инфекциите, потвърдените случаи, нивото на смъртност и броя на потвърдените случаи на 100 000 души в различни региони. Кодът е наличен в Github.
Обобщавайки
Общността с отворен код реагира бързо и ефективно на пандемията от COVID-19. Изградени са и продължават да се изграждат много проекти за справяне с разпространението на болестта. Тази статия описва някои от проектите. Все още има несигурност как ще се развие болестта през следващите седмици. Повече проекти, които могат да използват съществуващите технологии с отворен код, ще намерят място в борбата срещу тази смъртоносна болест.
Пази се!
Статия от д-р Michael J. Garbade, главен изпълнителен директор, Education Ecosystem